У середині 60-х років минулого століття, опираючись на світовий досвід у галузі сільського господарства, який свідчив, що висока продуктивність землеробства неможлива без застосування агрохімікатів, було взято курс на хімізацію сільськогосподарського виробництва. Високими темпами почала розвиватись хімічна тукова промисловість, будувались нові заводи і комбінати з виробництва мінеральних добрив. В умовах посиленої інтенсифікації виробництва виникла необхідність у належному науковому супроводі нового напряму господарської діяльності.

У зв’язку з цим 23 липня 1964 року Рада Міністрів Української РСР прийняла постанову № 749 «Про організацію агрохімічної служби в сільському господарстві Української РСР», в якій Міністерству сільського господарства УРСР було доручено створити єдину державну агрохімічну службу шляхом організації сітки з 25 зональних агрохімічних лабораторій при обласних сільськогосподарських дослідних станціях, науково-дослідних інститутах і сільськогосподарських вищих навчальних закладах. Фактично протягом півтора року були створені лабораторії, набраний відповідний штат.

Новостворений колектив лабораторії, молодий як за віком, так і за досвідом, якого катастрофічно не вистачало, намагався вже з перших місяців своєї роботи довести здатність здійснювати агрохімічне обстеження ґрунтів і обслуговування господарств області згідно з вимогами, які ставились в той час перед агрохімічною службою України.

8 липня 1968 року з метою поліпшення керівництва зональними агрохімічними лабораторіями і наближення їх роботи до виробництва наказом Міністерства сільського господарства УРСР № 470 зональні агрохімічні лабораторії були підпорядковані управлінню хімізації сільського господарства.

11 вересня 1979 року Постановою Центрального Комітету компартії України і Ради Міністрів УРСР № 446 створено Республіканське виробничо-наукове об’єднання з агрохімічного обслуговування сільського господарства «Укрсільгоспхімія», якому підпорядкували зональні агрохімічні лабораторії.

У 1981 році Постановою ЦК КПУ і Ради Міністрів Української РСР зональні агрохімічні лабораторії були перетворені на державні обласні проектно-розвідувальні станції хімізації сільського господарства.

У 1992 році державні обласні проектно-розвідувальні станції хімізації сільського господарства відповідно до наказу Міністерства сільського господарства і продовольства України ввійшли до складу новоствореного Українського державного об’єднання «Украгрохім».

У 1993 році на підставі «Положення про Міністерство сільського господарства та продовольства України» створено Українську державну службу моніторингу ґрунтів і якості продукції «Укрґрунтомоніторинг».

У 1998 році наказом Міністерства агропромислового комплексу України на базі «Украгрохім» створено Центральну державну станцію родючості ґрунтів і захисту рослин. А в 1999 році наказом Мінагрополітики України цю станцію реорганізували в Головну державну інспекцію захисту рослин та Державний центр охорони родючості ґрунтів і якості продукції, а державні обласні проектно-розвідувальні станції хімізації сільського господарства були перетворені на державні проектно-технологічні центри охорони родючості ґрунтів і якості продукції Автономної Республіки Крим та областей.

Постановою Кабінету Міністрів України від 3 серпня 2000 року № 1218 Державний центр охорони родючості ґрунтів і якості продукції Міністерства аграрної політики України реорганізовано у Державний технологічний центр охорони родючості ґрунтів Міністерства аграрної політики України.

Наказом Мінагрополітики від 23.11.2010 № 759 установу перейменовано у Державний науково-технологічний центр охорони родючості ґрунтів.

Наказом Мінагрополітики від 4.09.2012 № 542 «Про реорганізацію державних установ, діяльність яких пов’язана з охороною родючості ґрунтів та якості продукції» здійснено реорганізацію ДУ «Центрдержродючість» та регіональних центрів Кримдержродючість і Облдержродючість шляхом приєднання.

Пройшовши шлях реорганізацій та удосконалень зональні лабораторії перетворилися в Державну установу «Інститут охорони ґрунтів України» (Наказ Мінагрополітики від 20.03.2013 № 198), який включає 24 філії і здійснює науково-технічну політику у сфері охорони ґрунтів і їх родючості, раціонального використання та екологічної безпеки земель сільськогосподарського призначення, об’єктів довкілля, визначення якості продукції, сировини, агрохімікатів.