Історія агрохімічної служби в Автономній Республіці Крим розпочалася в 1965 р., коли, тоді ще у Кримській області, було створено Кримську зональну агрохімічну лабораторію. Згідно з наказом Республіканського виробничо-наукового об’єднання з агрохімічного обслуговування сільського господарства «Укрсільгоспхімія» в 1986 р. лабораторію перейменовано на Кримську обласну проектно-вишукувальну станцію хімізації сільського господарства, а в 1992 р. — на Кримську республіканську державну проектно-вишукувальну станцію хімізації сільського господарства.

У 1999 р. установа отримала назву Кримський республіканський державний проектно-технологічний центр охорони родючості ґрунтів і якості продукції, а в 2011 р. — державне підприємство «Кримський республіканський державний проектно-технологічний центр охорони родючості ґрунтів і якості продукції».

У 2012 р. установу реорганізовано у Філію в Автономній Республіці Крим державного підприємства «Державний науково-технологічний центр охорони родючості ґрунтів «Центрдержродючість».

З 2013 р. установа називається Філія в Автономній Республіці Крим державного підприємства «Інститут охорони ґрунтів України».

Як структурний підрозділ Філія в АРК ДУ «Держґрунтохорона» має статус науково-дослідної установи і, поряд з обласними філіями, проводить діяльність, що пов’язана з охороною, збереженням та відтворенням родючості ґрунтів.

У березні 2014 р. Російська Федерація анексувала півострів Крим. Верховна Рада України прийняла Декларацію про боротьбу за звільнення України, в якій заявила, що «Крим був, є та буде в складі України».