У 1992 році установу реорганізували в Кримську республіканську державну проєктно-вишукувальну станцію хімізації сільського господарства.
У 1999 році установа отримала назву Кримський республіканський державний проєктно-технологічний центр охорони родючості ґрунтів і якості продукції, а в 2011 році — державне підприємство «Кримський республіканський державний проєктно-технологічний центр охорони родючості ґрунтів і якості продукції».​

У 2012 році установу реорганізували у Філію в Автономній Республіці Крим державного підприємства «Державний науково-технологічний центр охорони родючості ґрунтів «Центрдержродючість». З 2013 року вона стала Філією в Автономній Республіці Крим державного підприємства «Інститут охорони ґрунтів України».​

Як структурний підрозділ, Філія в АРК ДУ «Держґрунтохорона» мала статус науково-дослідної установи і, поряд з обласними філіями, проводила діяльність, пов’язану з охороною, збереженням та відтворенням родючості ґрунтів.​

У березні 2014 року росія анексувала півострів Крим. Верховна Рада України прийняла Декларацію про боротьбу за звільнення України, в якій заявила, що «Крим був, є та буде в складі України».​

На жаль, через анексію Криму, діяльність Філії в АРК ДУ «Держґрунтохорона» була припинена, і інформація про її досягнення та співпрацю в період до 2014 року є обмеженою.