Історія створення центру бере початок у 1964 році, коли в Радянському Союзі було організовано єдину агрохімічну службу та створено мережу зональних агрохімічних лабораторій. Полтавська зональна агрохімічна лабораторія включала чотири виробничі групи: оперативну групу з відбору ґрунтових зразків, групу з аналізу ґрунтів і добрив, картографічну групу та групу з аналізу кормів і рослин.

У 1967 році лабораторія посіла перше місце в Україні з науково-виробничих показників і друге в СРСР після Ризької зональної агрохімічної лабораторії. У 1966 році збудовано лабораторний корпус, а в 1979–1981 роках проведено модернізацію та встановлено нове обладнання. У 1984 році лабораторію реорганізували в Полтавську обласну станцію хімізації сільського господарства.

У 2000 році на базі станції хімізації створено Полтавський обласний державний проєктно-технологічний центр охорони родючості ґрунтів і якості продукції «Облдержродючість». З 1999 року розпочалася комп’ютеризація процесів, що значно скоротило витрати часу і коштів на виготовлення еколого-агрохімічних паспортів та картограм. Закуплено прилади СФ-46 та «Юлія», що покращили якість досліджень.

У 2023 році для безперебійної роботи центру введено в експлуатацію дизельний генератор HIMOINSA HSY-25, наданий західними партнерами. У 2024 році Північно-Східний міжрегіональний центр отримав сучасне аналітичне обладнання: атомно-абсорбційні спектрометри, аналізатор мікроелементів, мас-спектрометр з індуктивно зв’язаною плазмою, газовий хроматограф SHIMADZU Nexis GC-2030, систему очищення кислоти та мікрохвильову систему підготовки зразків.

Завдяки модернізації обладнання центр підвищив точність аналізів і розширив спектр досліджень. Він продовжує працювати над удосконаленням методик агрохімічного аналізу та надає рекомендації щодо підвищення родючості ґрунтів і покращення екологічного стану земель.