Історія установи почала свій відлік 23 липня 1964 р., коли Рада Міністрів УРСР прийняла Постанову «Про організацію державної агрохімічної служби в сільському господарстві України», що передбачала створення в республіці мережі зональних агрохімічних лабораторій.

У 1986 р. лабораторію реорганізовано в Миколаївську обласну державну проектно-розвідувальну станцію хімізації сільського господарства. У 2000 р. станцію реформовано в Миколаївський державний проектно-технологічний центр охорони родючості ґрунтів і якості продукції. У 2012 р. Міністерство аграрної політики та продовольства України на базі Державного технологічного центру охорони родючості ґрунтів «Центрдержродючість» створило державну установу «Державний науково-технологічний центр охорони родючості ґрунтів (ДУ «Центрдержродючість»), а державну установу «Миколаївський обласний державний проектно-технологічний центр охорони родючості ґрунтів та якості продукції» реорганізувало в Миколаївську філію ДУ «Центрдержродючість».

Після реорганізації у 2013 р. центр отримав назву — Миколаївська філія державної установи «Інститут охорони ґрунтів України».

Нині філія здійснює моніторинг ґрунтів на землях сільськогосподарського призначення з метою збору, аналізу і опрацювання інформації про якісний стан ґрунтів та їх ерозійну безпеку, забруднення ґрунтів важкими металами, радіонуклідами, залишковими кількостями пестицидів та агрохімікатів, іншими токсичними речовинами техногенного та природного походження. Виготовляє та надає агрохімічні паспорти полів, земельних ділянок з рекомендаціями щодо проведення заходів, спрямованих на підвищення родючості ґрунтів і запобігання негативного впливу, зокрема антропогенного. Проводить еколого-меліоративні обстеження ґрунтів на зрошуваних і осушених землях. Бере участь у впроваджені науково-технічної, технологічної та інноваційної політики, досягнень науки і передового досвіду у сфері збереження, відтворення та охорони родючості ґрунтів, екологічної безпеки земель. Розробляє, з урахуванням даних агрохімічного паспорта, агрохімічних картограм проектно-кошторисної та технологічної документації на проведення хімічної меліорації ґрунтів. Здійснює ґрунтово-агрохімічне обстеження під закладення багаторічних насаджень.

З 2013 до 2018 р. надруковано 39 статей, 42 тези і видано 6 методичних рекомендацій. Фахівці філії кожен рік обстежують 100000–120000 га земель сільськогосподарського призначення, відбирають 6500 зразків ґрунту, в яких виконують до 25000 аналізів

Основними напрямами діяльності Миколаївської філії ДУ «Держґрунтохорона» є:

• – моніторинг ґрунтів на землях сільськогосподарського призначення з метою збору, аналізу і опрацювання інформації про якісний стан ґрунтів та їх ерозійну безпеку, забруднення ґрунтів важкими металами, радіонуклідами, залишковими кількостями пестицидів та агрохімікатів, іншими токсичними речовинами техногенного та природного походження;

• – виготовлення агрохімічних паспортів полів, земельних ділянок з рекомендаціями щодо проведення заходів, спрямованих на підвищення родючості ґрунтів і запобігання негативного впливу, зокрема антропогенного;

• – здійснення ґрунтово-агрохімічного обстеження під закладку багаторічних насаджень;

• – дослідження стану радіо активного забруднення сільськогосподарських угідь та продукції рослинництва;

• – проведення науково-дослідних робіт у сфері охорони ґрунтів та їх родючості, раціонального використання та екологічної безпеки земель сільськогосподарського призначення, об’єктів довкілля;

• – виконання робіт із сертифікації земель сільськогосподарського призначення, зокрема під час впровадження органічного землеробства;

• – надання на договірній основі інформаційно-консультативних послуг землекористувачам, землевласникам та суб’єктам оціночної діяльності з питань раціонального використання, охорони земель сільськогосподарського призначення, поліпшення якості та безпечності продукції;

• – підготовка експертних висновків щодо відповідності ґрунтів вимогам для надання статусу спеціальної зони із виробництва сировини, яку використовують для виготовлення продуктів дитячого та дієтичного харчування;

• – розроблення технічної документації для виготовлення продукції науково-технічного призначення.

Діяльність Миколаївської філії державної установи «Інститут охорони ґрунтів України» має великий попит як серед сільгоспвиробників, так і інших суб’єктів господарювання, а також пересічних громадян.

Фахівці філії спроможні виконувати близько 150 видів аналізів ґрунтів, продукції, води та добрив.