Витоки філії сягають 1964 р., коли було створено Харківську зональну агрохімічну лабораторію. Надалі відбулися такі реорганізації: 1981 р. — Харківська обласна проектно-розвідувальна станція хімізації сільського господарства, 1999 р. — Харківський обласний державний проектно-технологічний центр охорони родючості ґрунтів і якості продукції, 2011 р. — державна установа «Харківський обласний державний проектно-технологічний центр охорони родючості ґрунтів і якості продукції», 2012 р. — Харківська філія державної установи «Державний науково-технологічни центр охорони родючості ґрунтів «Центрдержродючість», 2013 р. — Харківська філія державної установи «Інститут охорони ґрунтів України».

Філія проводить єдину науково-технічну політику щодо охорони родючості ґрунтів області, раціонального використання та екологічної безпеки земель, ведення державного моніторингу ґрунтів сільськогосподарського призначення з метою виявлення і узагальнення тенденцій та характеру змін показників родючості ґрунтів. З дня заснування аналітичні лабораторії виконували дослідження вмісту основних елементів живлення та кислотності ґрунтового розчину. З 1998 р. проводять роботи з визначення вмісту мікроелементів цинку та міді, важких металів кадмію та свинцю, з 2003 р. — вмісту марганцю та кобальту у ґрунтах. Також з 1998 р. визначають рівень забруднення ґрунтів залишковими кількостями пестицидів.

Працівники філії щороку виконують роботи з агрохімічної паспортизації земель сільськогосподарського призначення, надають довідки про стан родючості ґрунтів, виготовляють картографічний матеріал. Також розробляють проектно-кошторисну документацію на проведення хімічної меліорації солонцюватих ґрунтів, здійснюють рослинну та ґрунтову діагностику, за результатами якої надають розрахунки потреби мінеральних добрив на запланований врожай та рекомендації щодо їх використання. Фахівці філії навчають землекористувачів, як інтерпретувати аналізи і розібратися в рекомендаціях, як і коли вносити добрива.

Цікавим також є той факт, що у 1974 р. філією спільно з Харківським тракторним заводом було розроблено пристрій для механізованого відбору зразків ґрунту на базі трактору ДВШ.

Філія тісно співпрацює з Центром наукового забезпечення АПК та Департаментом агропромислового розвитку облдержадміністрації, виконуючи такі роботи: збір і узагальнення інформації про використання мінеральних та органічних добрив; розрахунок потреби в мінеральних та органічних добривах за періодами їх внесення під сільськогосподарські культури; розрахунок балансу поживних речовин та гумусу в землеробстві області; розрахунок окупності мінеральних добрив урожаями сільськогосподарських культур; ґрунтова та рослинна діагностика мінерального живлення озимих; узагальнення агрохімічних показників родючості ґрунтів за турами агрохімічних обстежень.

У структурі філії є три лабораторії:

• – моніторингу та агрохімічної паспортизації земель — проводить польові дослідження ґрунтів;

• – аналітичного забезпечення агрохімічних досліджень, екологічної безпеки земель, довкілля та якості продукції — визначає вміст рухомих форм фосфору, обмінного калію, гумусу, азоту, що легко гідролізується, і ступінь кислотності ґрунтів та виконує аналізи ґрунтів, рослин і води на вміст мікроелементів та залишкових кількостей пестицидів і важких металів;

• – геоінформаційних систем, обробки інформації та картографування — виконує інформаційне забезпечення робіт з агрохімічної паспортизації земельних ділянок, які концентруються в базі даних, де відображено агрохімічні характеристики обстежених земель за основними показниками і складає на основі польових досліджень картограми на вміст гумусу, рухомих форм фосфору, обмінного калію та кислотності ґрунтів.

Харківська філія оснащена сучасними приладами. Це підтверджує Свідоцтво про відповідність системи вимірювань вимогам ДСТУ ISO 10012:2005 , видане ДП «Харківський регіональний науково-виробничий центр стандартизації, метрології та сертифікації».

Полтавська філія ДУ «Держґрунтохорона» на замовлення землекористувачів проводить дослідження якості продукції рослинництва, кормів для тваринництва, мінеральних і органічних добрив та інших агрохімікатів.

Завжди цікавими є ознайомлювальні екскурсії та лекції для студентів Полтавської аграрної академії та Полтавського аграрно-економічного коледжу, які регулярно проводяться фахівцями філії.