Витоки регіонального центру сягають 1964 р., коли було створено Харківську зональну агрохімічну лабораторію. Надалі відбулися такі реорганізації: 1981 р. – Харківська обласна проектно-розвідувальна станція хімізації сільського господарства, 1999 р.

Харківський обласний державний проектно-технологічний центр охорони родючості ґрунтів і якості продукції, 2011 р. Державна установа «Харківський обласний державний проектно-технологічний центр охорони родючості ґрунтів і якості продукції», 2012 р.

Харківська філія державної установи «Державний науково-технологічни центр охорони родючості ґрунтів «Центрдержродючість», 2013 р. Харківська філія ДУ «Держґрунтохорона», 2024 р. Харківський регіональний центр ДУ «Держґрунтохорона».

Філія проводить єдину науково-технічну політику щодо охорони родючості ґрунтів області, раціонального використання та екологічної безпеки земель, ведення державного моніторингу ґрунтів сільськогосподарського призначення з метою виявлення і узагальнення тенденцій та характеру змін показників родючості ґрунтів.

З дня заснування аналітичні лабораторії виконували дослідження вмісту основних елементів живлення та кислотності ґрунтового розчину. З 1998 р. проводять роботи з визначення вмісту мікроелементів цинку та міді, важких металів кадмію та свинцю, з 2003 р. – вмісту марганцю та кобальту у ґрунтах. Також з 1998 р. визначають рівень забруднення ґрунтів залишковими кількостями пестицидів.

Працівники філії щороку виконують роботи з агрохімічної паспортизації земель сільськогосподарського призначення, надають довідки про стан родючості ґрунтів, виготовляють картографічний матеріал. Також розробляють проектно-кошторисну документацію на проведення хімічної меліорації солонцюватих ґрунтів, здійснюють рослинну та ґрунтову діагностику, за результатами якої надають розрахунки потреби мінеральних добрив на запланований врожай та рекомендації щодо їх використання.

Фахівці філії навчають землекористувачів, як інтерпретувати аналізи і розібратися в рекомендаціях, як і коли вносити добрива. Цікавим також є той факт, що у 1974 р. регіональним центром спільно з Харківським тракторним заводом було розроблено пристрій для механізованого відбору зразків ґрунту на базі трактору ДВШ.

Центр тісно співпрацює з Центром наукового забезпечення АПК та Департаментом агропромислового розвитку облдержадміністрації.